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要永久删除手机短信，可以采取以下方法。
1、直接删除：打开短信应用，长按要删除的短信，选择删除选项即可，这种方法删除的短信可以在手机最近删除或回收站中找回，所以可能需要进一步操作来彻底删除。
2、批量删除：在短信应用中选择全部或部分短信，进行批量删除，操作方法因手机型号和短信应用不同而有所差异，但通常可以在短信列表页面或设置菜单中找到删除选项。
3、通过手机设置删除：进入手机设置，找到应用管理或应用设置，选择短信应用，然后清除数据或缓存，这种方法会删除所有短信和短信相关的数据，但可能会影响其他短信应用功能。
4、使用第三方工具删除：可以在应用商店中搜索短信删除工具，下载安装后按照提示进行删除，但请注意，使用第三方工具可能会存在一定的风险，所以选择时要谨慎。
5、恢复出厂设置：如果以上方法都无法彻底删除短信，可以选择恢复出厂设置来完全清除手机数据，但这种方法会删除手机的所有数据和设置，所以在操作前一定要备份重要数据。
在删除短信之前请确认短信的重要性，避免误删造成的不便，彻底删除短信后无法恢复，请谨慎操作。